@Fanuy En tant qu'ingé débutante, comme dit plus haut, tu n'as pas toujours les bonnes connaissances, mais les entreprises le savent. Alors forcément, si tu n'as pas les compétences données dans le titre de l'annonce, tu as peu de chances d'être recrutée. Mais si ça correspond à ta formation, même s'il te manque une ou deux compétences dans la liste donnée, c'est pas bien grave ^^ Au pire, les recruteurs refuseront ton CV et t'enverront balader par mail, au mieux ils te donneront un entretien, et déjà ça, ça veut dire que ton profil est intéressant !
N'hésite pas à parler de tes compétences connexes ("je n'ai pas utilisé ce logiciel, mais celui-ci, qui fait les mêmes choses", "j'ai vu cette notion dans un cours", "j'ai lu des articles sur le sujet"), et toutes les petites choses qui font que tu peux t'adapter au poste. Dans ta lettre de motivation, si tu mets un point négatif, n'oublie pas de le contrebalancer par autre chose (même "le sujet m'intéresse", ils préfèrent quelqu'un de motivé à apprendre que quelqu'un ayant les bases mais pas plus intéressé que ça).